Repetitive Elemente aushochfragmentierten Sequenzdaten, Fachbücher von Alexander Breit

Inhalt dieser Arbeit ist die Evaluierung und Anwendung einer selbstentwickelten in silico Methode zur Vorhersage repetitiver Einheiten in Whole Genome Shotgun Sequenzdaten. Diese auf BLAST basierende Methode kann durch Intervallclustering und Assemblierung homologer Sequenzen Repeats wiederherstellen, die selbst länger sind als die Eingabesequenzen. Damit konnten die typisch repetitiv vorkommenden Elemente im Genom rekonstruiert werden, wie unter anderem strukturelle RNAs, Histone, Transposons und Retrotransposons aber auch Simple Repeats und tRNAs.