Die Geschäftsführung des SOS-Kinderdorf e.V. erfolgt nach einem Regelwerk (u.a. Organisationshandbuch im Intranet) für die Geschäftsstelle und die pädagogischen Einrichtungen in Deutschland.
Die Haushaltsführung erfolgt im Rahmen eines durch den Verwaltungsrat genehmigten Etats. Der Verwaltungsrat ist das satzungsgemäße, von der Mitgliederversammlung eingesetzte Aufsichtsgremium über dem Vorstand. Ihm obliegt unter anderem die Überwachung der Geschäftsführung und des Vorstands, einschließlich Prüfung und Kontrolle der Verwendung der Vereinsmittel. Im Rahmen des genehmigten Etats erfolgt die Mittelfreigabe halbjährlich durch den Vorstand.
Zusätzlich nimmt der Verwaltungsratsvorsitzende regelmäßig an den Vorstandssitzungen teil. Die ehrenamtlichen Vorstandsmitglieder werden regelmäßig über ein differenziertes Berichtswesen über die laufenden Geschäfte informiert.
Die Mitglieder des Verwaltungsrats und der ehrenamtliche Vorstand erhalten keine Vergütung für ihre ehrenamtliche Tätigkeit.
Die Geschäftsführung besteht aus zwei Personen, deren Handeln durch die Geschäftsordnung geregelt ist. Freigaben und Vertragsabschlüsse erfolgen durch Gegenzeichnen von mindestens zwei Vorstandsmitgliedern. Das Controlling ist bei allen wesentlichen Entscheidungen regelmäßig eingebunden.
Der Verein hat definierte, selbstkontrollierende Richtlinien (z.B. Vier-Augen-Prinzip, Berechtigungs- und Zugangskontrollen, abgestuftes Berechtigungs- und Freigabesystem), an die von der untersten Sachbearbeiterstufe bis zur obersten Stufe der Geschäftsleitung alle Mitarbeiter gebunden sind.
Der jährlich freiwillig beauftragte Jahresabschluss des SOS-Kinderdorf e.V. wird von einer unabhängigen renommierten Wirtschaftsprüfungsgesellschaft (PricewaterhouseCoopers Aktiengesellschaft Wirtschaftsprüfungsgesellschaft) geprüft. Die Prüfung erfolgt nach den Kriterien für große Kapitalgesellschaften mit allen damit zusammenhängenden, verschärften gesetzlichen Ausweis- und Berichtspflichten.
Zusätzlich lässt sich die Geschäftsleitung des SOS-Kinderdorf e.V. von der o.g. Wirtschaftsprüfungsgesellschaft - ebenfalls freiwillig - nach § 53 HGrG (HaushaltsgrundsätzeGesetz) prüfen. Hier wird geprüft, ob die Geschäfte ordnungsgemäß, d.h. mit der erforderlichen Sorgfalt und in Übereinstimmung mit den einschlägigen handelsrechtlichen Vorschriften und dem Gesellschaftsvertrag geführt werden. Wichtige Bestandteile dieses Fragenkatalogs, der vom Institut der Wirtschaftsprüfer (IDW) nach Abstimmung mit dem Bundesministerium für Finanzen, dem Bundesrechnungshof und den Landesrechnungshöfen im IDW-Prüfungsstandard „Fragenkatalog nach § 53 HGrG“ (IDW PS 720) zusammengefasst wurde, sind u.a. die Prüfung der Tätigkeit von Überwachungsorganen, die Interne Revision des Vereins sowie die Übereinstimmung der Rechtsgeschäfte und Maßnahmen mit Gesetz, Satzung, Geschäftsordnung, Geschäftsanweisung und bindenden Beschlüssen des Überwachungsorgans. Auch die Durchführung von Investitionen und geltende Vergaberegelungen sind Gegenstand der Prüfung nach § 53 HGrG.
Die Interne Revision des Vereins wird ebenfalls durch eine Wirtschaftsprüfungs- und Steuerberatungskanzlei, die von der Jahresabschlussprüfungsgesellschaft unabhängig ist, durchgeführt. Im Rahmen der durch die Interne Revision durchgeführten Prüfungen werden von den zur Zeit 46 pädagogischen Einrichtungen in Deutschland über 30 Einrichtungen pro Jahr einer Prüfung unterzogen. Die Geschäftsleitung und die Einrichtungsleiter werden durch einen schriftlichen Bericht zeitnah über getroffene Prüfungsfeststellungen informiert.
Der SOS-Kinderdorf e.V. als anerkannter Träger der freien Jugendhilfe ist Partner von öffentlichen Stellen auf kommunaler, Landes-, und Bundesebene. Die Inanspruchnahme von öffentlichen Mitteln für die inländischen SOS-Kinderdorf-Einrichtungen basieren einerseits auf der Grundlage von Leistungs-, Entgelt- und Qualitätsvereinbarungen, die mit den Kommunen ausgehandelt und durch diese kontrolliert werden, andererseits auf Zuschüssen u.a. aus Mitteln der Bundesanstalt für Arbeit, deren Verwendung strengsten Nachweispflichten unterliegen.
Im Bereich Ausland arbeitet der SOS-Kinderdorf e.V. eng mit dem Dachverband SOS-Kinderdorf International (Innsbruck) zusammen und erhält von diesem im Rahmen abgestimmter Budgets Aufzeichnungen und Nachweise über die Verwendung der transferierten Gelder. Die vom SOS-Kinderdorf e.V. unterstützten ausländischen SOS-Kinderdorf-Organisationen werden ebenfalls durch unabhängige Wirtschaftsprüfungsgesellschaften im jeweiligen Land geprüft.
Der SOS-Kinderdorf e.V. verzichtet auf den Einsatz von Spendenwerbern, Drückerkolonnen etc. und zahlt deshalb auch keine Provisionen. Der Großteil der Spenden wird mit Hilfe von Spendenbriefen und der Berichterstattung in der Presse generiert.
Der Verein erhält jährlich das Spendensiegel des deutschen Zentralinstituts für soziale Fragen (DZI). Der Anteil der Verwaltungskosten nach Berechnungsschema des DZI liegt regelmäßig unter Branchendurchschnitt.
